1、按核算項目先整體計算增值額和增值率，確定相應稅率后，再按建筑面積分別核算增值額，計算土地增值稅。

扣除項目=土地成本+房屋開發成本+費用扣除10%+加計扣除20%+稅金=120+600+(120+600)×10%+(120+600)×20%+55=991(萬元)。

增值額=收入-扣除項目=(500+500)-991=9(萬元)。

增值率=增值額÷扣除項目×100%=9÷991×100%=0.9%。低于50%，適用30%的稅率。

由于增值率未超過20%，因此5000平方米普通標準住宅免土地增值稅。

商鋪應納的土地增值稅=9×1000÷6000×30%=0.45(萬元)。

2、先按面積分開項目計算增值額與增值率，再分別確定適用稅率計算增值稅。

普通標準住宅扣除項目=120×5000÷6000+600×5000÷6000+(100+500)×30%+27.5=807.5(萬元)(除稅金及附加外其他按面積分攤)。

普通標準住宅增值額=500-807.5=-307.5(萬元)，無增值額。

商鋪扣除項目=120×1000÷6000+600×1000÷6000+(20+100)×30%+27.5=183.5(萬元);

商鋪增值額=500-183.5=316.5(萬元);

商鋪增值率=316.5÷183.5×100%=172%，適用50%的稅率。

商鋪應納土地增值稅=316.5×50%-183.5×15%=130.725(萬元)。

商鋪土地增值稅計算方法

1、商鋪土地增值稅按照納稅人轉讓房地產所取得的增值額和本條例第七條規定的稅率計算征收。增值稅稅額＝增值額×增值稅稅率―扣除項目金額×扣除系數。

2、增值額：納稅人轉讓房地產所取得的收入減除本條例第六條規定扣除項目金額后的余額，為增值額。增值額＝銷售收入―扣除項目金額。

3、銷售收入：納稅人轉讓房地產所取得的收入，包括貨幣收入、實物收入和其他收入。

4、扣除項目金額：扣除項目金額＝土地款＋開發成本＋開發費用＋稅金＋其他扣除項目。

5、增值稅稅率：土地增值稅稅率采用四級超率累進稅率，具體稅率為30％、40％、50％、60％四個檔次。具體應適用哪一級稅率應根據增值率大小確定。增值率＝增值額÷扣除項目金額×100％。