1、未來使用費用不同：商住兩用房一般水、電、暖等使用費用都將采取商用價格。而普通住宅一般是按照民用水電費標準收費的，價格比較低。
2、相關稅費的差異：普通住宅項目初次購買和未來轉讓時契稅為1.5%，而商住兩用房50年產權的住宅，其契稅按3%繳納。
3、貸款條件的限制：購買此類房屋大多不能申請公積金貸款，但是也有少數項目在開發商的努力下能夠辦到。另50年產權或者40年產權的住宅，如采用銀行貸款的方式，只能得到五成或六成按揭。
4、建設標準不同：如果按照公建相關要求，前者的人防和消防等建設標準較高，對開發商而言，成本將提高。
5、土地性質不同：商住房是商業用地或綜合用地，住宅則是住宅用地，商業用地一般用于規劃商業、娛樂、經營性建筑，綜合用地一般用于規劃商業和住宅，住宅用地規劃住宅。
6、使用年限不同：商住房的使用年限為40或50年，住宅則為70年。
7、產權到期規定不同：住宅的使用權到期后一般會自動延續，非住宅則要根據相關法律規定，做出有償補償。
1、商住兩用房一般不能落戶：
商住兩用房一般無法遷入戶口，這意味著即使周邊區域內有較好的教育資源，子女因戶口不能遷入也無法就近入學。這無形中造成了業主生活、學習上的不便。
2、“商住兩用”房生活成本高：
商住兩用房的水、電和物業費用的都是商用標準，遠高于住宅項目，各種稅費等也要高于普通住宅。也就是表示購房者要承受較高的生活成本。
3、商住兩用房安全問題也值得擔憂：
商住兩用房將商和住混雜在一起，名為既可“商”也可“住”，實則給雙方都帶來了很多麻煩。在某業主論壇上，許多業主發的帖子反映商戶嚴重擾民，有的反映商戶晚上營業時間結束太晚等。
